프로젝트가 하나 더 늘었습니다.

아하하하하하하하하하하ㅎ히ㅏㅣㅏㅎㅇㄴ하ㄱㅇㅇㄴㅣ

정신 뿌개지는 소리가 저 멀리 나고 있습니다.

토욜이라고 점심때 치맥을 하고 실험실 왔는데 역시 술먹고 공부는 땡이군요. 술에 입도 대지 말아야지 이거 원. 머리가 다 굳었습니다 ㅜ

치느님은 느님이지만 맥주는 영 아니네요 

  단백질용 아크릴아마이드 젤 만들고 내리고 western blot 한 것 말고는 그렇게 배운건 없습니다만

조사해야 할 것은 엄청나게 생겼습니다.

새로운 벡터에 새로운 유전자 테크닉을 배워야 하고 cell line을 만들기 위해 머리를 싸매야 하는 시간이 다가오고 있습니다.

거기에 다음달엔 신입생 랩미팅도 시작된다니 공포.

조교일은 힘든듯 말듯 하네요. 채점이나 준비는 시간도 많이 들고 귀찮지만 수업때는 신입생들 하는 거 보면 재밌습니다 ㅋ

2. 농구공을 샀습니다. 신입생들 돈 모아서 싼거 하나 샀네요. 그런데 가까이에 있는 농구코트가 거의 중학생 수준으로 낮아서 미들슛이 도저히 들어가질 않습니다. 전부 힘 과잉이에요 ㅋㅋ;

거기에 농구만 하면 아파오는 이 왼쪽 무릎은 어찌 한답니까.

아 헬스가고 싶습니다.

3. 기타 연습에 잠깐 벽에 부딪쳤습니다. 이번주 할당된 곡이 바렛코드만으로 점칠되어 있는데 손의 힘이 딸리는지 한번 코드 돌때까지는 소리가 나는데 그 이후엔 거의 뮤트되듯이 소리가 나네요.ㅜㅜ 하긴 이번주엔 하루 연습시간이 15분 정도밖에 없기도 했습니다.

4. 슬슬 디아3 졸업하고 싶은데 원하는 템이 안 나오네요. 그것만 나오면 당분간 게임 쉴수 있을 것 같은데 ㅜㅜ 

  이거 안쓴지 벌써 보름이상이 지났군요. 아무튼 오늘은 오랜만에 온 주말! 지만 토요일에도 실험실은 돌아갑니다 크허허

그동안 실험실 이사에 컴퓨터 조립에 디아블로 3 발매에 별별 일이 다 있어서 참으로 바쁘게 지나갔습니다.

보통 논문읽기와 실험에 시간을 배분할 때 초기엔 논문에 시간을 더 비중을 두라고 하지만 그 논문읽는 시간 10중 5은 대학원수업, 2은 실험, 3는 교수님 빡침의 꾸중듣기로 지나가는 듯 합니다.

지금 실험실에 들어온지 막 두달이 되었는데도 불구하고 벌써 개인적으로 내려진 프로젝트가 2개나 생겼네요;;; 거기에 실험실 총 과제 2개=_=...

하나만 해도 지금 생각하기 벅찬데 2개라니.

개뿔 논문도 많이 못 읽어서 지식도 없는데 머리가 아픔니다. 

교수님이 열받는 이유는 매우 지당하고 하시는 말씀도 주옥같지만 문제는 너무 깁니다 그게... 그래서 사람들은 지치고... 시간도 잡아먹고 실험 계획도 어지러워지고 야근은 더 늘어나고.... 꾸중의 효과가 있는지도 잘 모르겠습니다.

말씀을 하시되 좀만 더 짧게 하면 어떨까 싶기도 하네요. 하지만 그게 내맘대로 되는건 아니겠지.

제 맨탈이 여기서 버틸지 어떨지 모르겠습니다 하하하~~

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오늘은 hela cell(hela-h2b line)에 관련된 여러가지를 했습니다.

cell media 만들기

cell media 450

FBS  fetal bovine serum(한마디로 소 피 간거) 50

P/K -penicilin kanamycin 5

cell culture - 많이 자란 cell 들이 포화되지 않게 희석시켜서 다른 dish로 옮기기

PBS wash - buffer로 다른 것에 대해 증류수 쯤 생각하면 편함 100파이 5ml

TE - trypsin, EDTA, cell 표면 단백질 불활성화 시켜서 cell들 떼네버리기 1ml

cell media 5ml, 희석시킨 cell 용액 2ml

cell stock

FBS 70%

Media 20%

DMSO 10% (동결보존재. 물분자 결합 방해로 특유의 날카로운 구조 못 나오게 함)

등등등...

culture할 때 hela cell은 단순 e.coli보다 더 오염에 신경을 써서 머리 아픔니다. 계속 손을 알콜로 문지르고 ㅜㅜ 피부 안 좋아지겠구만요. 안그래도 습진에 고생중인데!!

실험실 생활이 한달 보름이 되었습니다.

이 블로그 포스트 간격도 무지하게 넓어졌군요 ㅜㅜ

예전처럼 게임으로만 채우기에는 상당히 힘들 것 같습니다. 할 시간도 많지 않는데 뭐 하나 제대로 쓰려면 들이는 시간이 장난 아니거든요 ㅜㅜ

그래서 이 블로그를 어떻게 해볼지 생각중입니다.

그대로 띄엄띄엄 게임한 이야기를 쓸 것인가. - 쓴다고 해도 길게 생산적인 글은 쓰기 힘들겠지요 ㅜ

아니면 전공을 살려서 좀더 생산적으로 생물학 관련 이야기를 풀어볼 것인가

랩돌이 생활을 좀 더 자세히 일기처럼 써볼 것인가

뭐 이런 것들이죠.

어느쪽을 고르던 블로그 스킨도, 제목도, 소개도 대량으로 고칠것들이 많습니다. 에고고=-=

블로그 주소도 바꾸고는 싶지만 핸드폰처럼 '이 블로그 주소는 여기로 변경되었습니다~' 라는 서비스가 있는 것도 아니니 힘들어보이네요 ㅋㅋㅋㅋ

어느 주제를 고르게 되었던 간에 글을 쓰는 스킬을 올려서 다른 분들처럼 재미나게 써보고 싶습니다. 추가로 그림실력도 올릴 수 있으면 더 재밌을 텐데요ㅎㅎ

p.s

뭔가 대학원 생활에 관련없는 스킬만 오르고 있습니다. 기타연주 라던지 말이죠. 또르르....

이번 주에도 딱히 실험을 많이 배우진 못했습니다.

사실 학기 시작하면서 할게 많아졌다고 해야죠. 교양조교 맡는 바람에 4년차이밖에 안 되는 신입생들과 한학기 투닥거리게 생겼네요.

그 와중에 그 교양실험 재수강 듣는 동기랑 만난것도 참 웃기는 상황이였습니다 ㅋㅋㅋ

실험실이 곧 이사를 하기에 매일 바쁘게 돌아갑니다.

그런 와중에 수업 듣는 건 두번 수업하고 한번 시험보는 체제라서 아주 그냥 머리가 아프게 되었습니다 ㅜㅜ

실험 배우려고 해도 머리가 아프네요.

EDTA 만들기

EDTA는 킬레이터로 2가 양이온들을 잡아줍니다. 비슷한 EGTA는 칼슘이온만 잡아주지요.

아무튼 이 2가 양이온을 처리해주는 성질 때문에 별별 작용을 다 합니다. 효소들의 활성 억제, adherent protein 억제로 cell들 바닥에서 떨어뜨리기 등등

만드는 것을 대략 이렇습니다.

186.1g EDTA를 800ml 물에 넣습니다.(나중에 1L) - 조낸 안 녹습니다. pH올리면서 서서히 녹습니다.

--TW 가 적혀있더군요. 1L에 1M이 되는 질량이라고 합니다. 이거 참고해서 만듬니다. 참고로 이번에 만드는 용액은 0.5M짜리

처음에 그냥 막 넣다가 magnetic stirrer가 돌아가지도 않았습니다. ㅎㄷㄷ 

pH 미터로 pH재면서 NaOH로 pH.8.0이 될 때까지 맞춰줍니다. EDTA가 졸라 산성이라서 한참 넣어도 맞춰지지가 않습니다. 게다가 녹으면서 자꾸 내려가기도 하고 말이죠. 그런데 이때 맞추다가 pH가 8.0을 초과해버리면 아예 쓰질 못 한다고 합니다. 이유는 찾아봐도 잘 모르겠지만 추측하컨데 NaOH과량으로 인해 비가역적인 salt침전이 일어나는 것이 아닐까요.

이후 micron filter로 거른다는데 이 와중에 일이 생겨 나가버려서 나머진 선배가 했습니다 ㅜ 

dNTP용액만들기

별건없고 따로따로 포장된 dATCGTP를 다 담아서 섞어서 농도 맞추면 완성~

근데 이번에 하다가 실수로 dATP 약간 쏟았습니다 ㅜㅜ. 다행히 빼서 쟁여놓았던 얘들로 만들었네요.

E-tube 80개 분량이였습니다 ㅎㄷ

  실험실 주최 학회에 졸업식에 이사에 장학금 자기소개서에

별별 할게 많아서 사실상 실험은 몇 가지 못 한 상태

대신 공부는 되게 많이 한 듯.

게다가 자기소개서가 영어라서 딥빡침

일단 간단하게 Western blot 용 SDS page 포함 비연속 gel 만들어보고

다음주에 할 거 정하고

교수님은 기분이 얹짢고

으아앙 ㅜ

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아무튼 경사스런 학기 시작

세미나에  수업에 교양실험 조교에

1학년이라서 그런지 아주 그냥 바쁘군요.

일단 이런 와중에도 취미생활을 즐기지 않으면 뭔가 진 기분이 들기에

어떻게든 시간을 짜내서 하루하루 어느정도 놀곤 있습니다.

기타치는 손가락은 굳은살이 생기기 시작해서 모양이 이래저래 요상해져 가는군요 ㅋㅋ

  이번주는 실험을 하기보다는 리뷰논문들을 읽고 배경지식을 쌓는 것 위주로 하였습니다.

PCR -mater mix

DNA를 제외한 용액을 미리 많이 만들어 놓고 사용합니다.

primer 각 1ul

DW         4ul  비율로 *X 해서 만듭니다.

polymerase 와 버퍼는 이미 있는 preMix Taq를 이용, 전체 부피의 반만큼 되게 넣습니다.

그리고 효소포함이므로 ice block에서 진행합니다.

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논문은 사수가 준 것들과 교수님이 읽으라고 한 논문들을, 그리고 교수님의 앞으로 실험계획서 등을 중심으로 공부하였습니다.

완전 벼락치기 시험보기 전 모드로 몇날 며칠을 있다보니 슬슬 몸에 말썽이 생기기 시작하는군요.

잦은 외식에 밥 이외의 탄수화물을 잘 못 받아들이는 여린 장은 여기저기 문제가 생기기 시작했습니다.ㅜㅜ

이틀의 한번 헬스도 어떻게든 지켜나가고 있지만 한 번 할 때 운동하는 시간은 점점 줄어들어가고만 있네요. 

장학금 때문에 자기소개서를 써야하는데 영어로 써야하는 지라 앞날이 깜깜합니다.

  지난주에 기초는 이것저것 해서 별건 많이 안 했습니다.

1. LB Medium만들기

LB Broth로 이미 mix가루 이융. 25g/L

autoclave 40min

Ampicilin 200ul (500ml에 500ul) (100mg/mL)

1/1000. 

2. E.coli 접종

 LB medium 200ml - ampicilin 400ul

colony 하나 따서 pipeting

3. DNA 농도 재기

DNA+DW와 영점용 DW. 

1.5ul 따서 사용

260/280 DNA/protein

오염도

260/230 DNA/기타 물질

prep시 용매 남은 정도

  이번주는 논문하나를 반정도 읽고 생물학 실험의 기본인

PCR

E.coli transformation 및 E.coli culture

E.coli 에서 plasmid 추출

plasmid 를 제한효소로 잘라내기 + purification

Agarose Gel 전기영동

을 하였습니다. 일단 집에와서 기억나는대로 정리중(나중에 실험실에서 수정 ㅜ)

(전체적으로 쓰던건 pcDNA myc Linker BuBR1 EcoRi site mutation)

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PCR

DNA template               1ul

Primer P.F      10pmol   1ul

          P.Rev  10pmol    1ul

nPfu forte                     1ul

dNTP 0.5mM (10x)        5ul

PCR BF (10x)              5ul

DW

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                                 50ul

E.coli Quick transformation

자세한 조성 생각안남

competenet cell DH10B 및 plasmid

competent cell -80도 보관했던 것 얼음에서 녹이기

DNA 넣고 Ice incubation 5~30min (1ug이면 매우 충분) 

Heatshock 42도 45s

ice incubation 3min

agar plate에 streaking 후 잠시 건조 후 배양

E.coli plasmid 추출 QIAGEN MIDI prep

3000rpm 4도 30분 centrifuge 로 e.coli 가라앉히기

상층액 버리고 resuspension buffer 로 vortex, pipet으로 cell들 풀기. (RNase 포함-4도에 있음)

lysis buffer(5분안에 종료) invert로 잘 섞음.(색으로 확인 가능하면 잘 퍼지도록)

neutralization buffer invert  (cell debris 뭉치기 시작)

Ice incubation

12000RPM 4도 60min centrifuge

 column 위에 가라앉지 않는 debris 제거용으로 거즈 2번접어 깔아둠

QBT buffer로 column 적셔둠

상층액 부움

wash- QC buffer X2

elute with QF buffer

DNA precipitation with isopropanol 

12000RPM 4도 30min

상층액 부운 후 with ethanol 70% 넣고 pause 가능

120krpm 30min 4도 70% EtOH 한번더 centrifuge

genotyping DW 200ul 4도 1day --pellet 크기에 따라 양 달리한다

plasmid 를 제한효소로 잘라내기 

DNA               1ugl

EcoR1              1ul  -- DNA한 10~15분 만에 자를 수 있는 정도의 양 ---UNIT/ul

Cla 1                3ul

buffer 4 10x     5ul== 제한효소마다 다름

BSA     10x    5ul

DW                 to 50ul

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-- water bath 에서 2시간

purification

PCR purification buffer 5배 넣고

column에 넣고 120krpm 1min

wash buffer 120krpm 1min

120krpm 1min

DW elution 50ul 120krpm 1min

Agarose Gel 전기영동

agarose gel만들기

agarose E 가루 0.5x TAE buffer에 녹여 농도 맞춘 후 전자렌지에서 흔들면서 끓임  200ml

약한 식힌 후(뜨거우면 EtBr 파괴) EtBr 1000분의 1

틀에 넣고 식힌다. 

전기영동 달리기

DNA Marker 로딩(냉장고에) 몇 base 짜리인지에 따라 넣는 양 다르게 로딩한다.

dye 2ul+DNA 5ul=7ul 을 로딩

달려라 달려라

UV 박스에 넣고(주걱으로 고정) 사진 찍기

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일단 이 정도군요. 더 자세히는 나중에 실험실에서 시간이 있으면 ㅎㅎ

근데 과연 이번주는 그렇다치고 다음주부터도 계속 써 나갈 수 있을 것인가! ㅋㅋㅋㅋㅋ

  대학교 졸업이 한달 뒤고 이제 대학원 실험실 정해져서 오늘부터 랩돌이 생활 시작했네요 ㅎㅎ

자리정리하고 컴퓨터 옮기고 필요한거 사오고 하다보니 시간이 가버렸습니다.

짧은 소감이라면

올뺑이족 생활패턴이 갑자기 3시간정도 압당겨져서 정말로 졸렸네요 ㅜㅜ 눈알이 피곤해서;; 인공눈물이라도 가져가야겠네요.