닥터 쉨의 주절거리는 블로그

실험실 생활이 한달 보름이 되었습니다.

이 블로그 포스트 간격도 무지하게 넓어졌군요 ㅜㅜ

예전처럼 게임으로만 채우기에는 상당히 힘들 것 같습니다. 할 시간도 많지 않는데 뭐 하나 제대로 쓰려면 들이는 시간이 장난 아니거든요 ㅜㅜ

그래서 이 블로그를 어떻게 해볼지 생각중입니다.

그대로 띄엄띄엄 게임한 이야기를 쓸 것인가. - 쓴다고 해도 길게 생산적인 글은 쓰기 힘들겠지요 ㅜ

아니면 전공을 살려서 좀더 생산적으로 생물학 관련 이야기를 풀어볼 것인가

랩돌이 생활을 좀 더 자세히 일기처럼 써볼 것인가

뭐 이런 것들이죠.

어느쪽을 고르던 블로그 스킨도, 제목도, 소개도 대량으로 고칠것들이 많습니다. 에고고=-=

블로그 주소도 바꾸고는 싶지만 핸드폰처럼 '이 블로그 주소는 여기로 변경되었습니다~' 라는 서비스가 있는 것도 아니니 힘들어보이네요 ㅋㅋㅋㅋ

어느 주제를 고르게 되었던 간에 글을 쓰는 스킬을 올려서 다른 분들처럼 재미나게 써보고 싶습니다. 추가로 그림실력도 올릴 수 있으면 더 재밌을 텐데요ㅎㅎ

p.s

뭔가 대학원 생활에 관련없는 스킬만 오르고 있습니다. 기타연주 라던지 말이죠. 또르르....

  이번주는 논문하나를 반정도 읽고 생물학 실험의 기본인

PCR

E.coli transformation 및 E.coli culture

E.coli 에서 plasmid 추출

plasmid 를 제한효소로 잘라내기 + purification

Agarose Gel 전기영동

을 하였습니다. 일단 집에와서 기억나는대로 정리중(나중에 실험실에서 수정 ㅜ)

(전체적으로 쓰던건 pcDNA myc Linker BuBR1 EcoRi site mutation)

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PCR

DNA template               1ul

Primer P.F      10pmol   1ul

          P.Rev  10pmol    1ul

nPfu forte                     1ul

dNTP 0.5mM (10x)        5ul

PCR BF (10x)              5ul

DW

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                                 50ul

E.coli Quick transformation

자세한 조성 생각안남

competenet cell DH10B 및 plasmid

competent cell -80도 보관했던 것 얼음에서 녹이기

DNA 넣고 Ice incubation 5~30min (1ug이면 매우 충분) 

Heatshock 42도 45s

ice incubation 3min

agar plate에 streaking 후 잠시 건조 후 배양

E.coli plasmid 추출 QIAGEN MIDI prep

3000rpm 4도 30분 centrifuge 로 e.coli 가라앉히기

상층액 버리고 resuspension buffer 로 vortex, pipet으로 cell들 풀기. (RNase 포함-4도에 있음)

lysis buffer(5분안에 종료) invert로 잘 섞음.(색으로 확인 가능하면 잘 퍼지도록)

neutralization buffer invert  (cell debris 뭉치기 시작)

Ice incubation

12000RPM 4도 60min centrifuge

 column 위에 가라앉지 않는 debris 제거용으로 거즈 2번접어 깔아둠

QBT buffer로 column 적셔둠

상층액 부움

wash- QC buffer X2

elute with QF buffer

DNA precipitation with isopropanol 

12000RPM 4도 30min

상층액 부운 후 with ethanol 70% 넣고 pause 가능

120krpm 30min 4도 70% EtOH 한번더 centrifuge

genotyping DW 200ul 4도 1day --pellet 크기에 따라 양 달리한다

plasmid 를 제한효소로 잘라내기 

DNA               1ugl

EcoR1              1ul  -- DNA한 10~15분 만에 자를 수 있는 정도의 양 ---UNIT/ul

Cla 1                3ul

buffer 4 10x     5ul== 제한효소마다 다름

BSA     10x    5ul

DW                 to 50ul

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-- water bath 에서 2시간

purification

PCR purification buffer 5배 넣고

column에 넣고 120krpm 1min

wash buffer 120krpm 1min

120krpm 1min

DW elution 50ul 120krpm 1min

Agarose Gel 전기영동

agarose gel만들기

agarose E 가루 0.5x TAE buffer에 녹여 농도 맞춘 후 전자렌지에서 흔들면서 끓임  200ml

약한 식힌 후(뜨거우면 EtBr 파괴) EtBr 1000분의 1

틀에 넣고 식힌다. 

전기영동 달리기

DNA Marker 로딩(냉장고에) 몇 base 짜리인지에 따라 넣는 양 다르게 로딩한다.

dye 2ul+DNA 5ul=7ul 을 로딩

달려라 달려라

UV 박스에 넣고(주걱으로 고정) 사진 찍기

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일단 이 정도군요. 더 자세히는 나중에 실험실에서 시간이 있으면 ㅎㅎ

근데 과연 이번주는 그렇다치고 다음주부터도 계속 써 나갈 수 있을 것인가! ㅋㅋㅋㅋㅋ